En el norte de Texas, un joven cae en una grieta del suelo mientras juega con sus amigos y éstos contemplan cómo es atacado por un cáncer negro que también infecta a dos bomberos que intentaban rescatarle. Mientras tanto los agentes del FBI Fox Mulder (David Duchovny) y Dana Scully (Gillian Anderson), apartados de los expedientes-x, inspeccionan un edificio federal de Dallas cuando algo inesperado sucede.

Dans un avenir pas trop lointain, un virus mortel balaie toute l'Europe, ce qui incite la création de camps de réfugiés de quarantaine aux États-Unis. Les agents de police Delon (Natasha Henstridge) et Lemieux (Christopher Lambert) apprendre d'un assassiner macabres dans le camp de Boston et de l'équipe chargée d'enquêter. Soupçonnant le tueur impitoyable est infecté par le virus, la paire ont quelques heures pour l'arrêter avant qu'il ne devienne contagieux et infecte l'ensemble de la population.